水体富营养化所带来的有害的藻类生长会引起很多环境问题，甚至会对人和牲畜引起严重的健康问题。富营养化污染和藻类富集同时会带来对经济，渔业和水质的严重污染。每年美国联邦政府，州政府和当地政府花费数十亿美元治理关于富营养化的问题
对于人类健康的影响
富营养化污染和有害的藻类疯长会制造多种毒素和化合物对人类的健康有显著影响，对于人和宠物有很多种方式暴露在这些污染物毒素面前或直接暴露在有毒藻类前:
饮用水源，或者偶然的饮用或者游泳在含有有毒藻类的水体中会引起严重的健康问题如：红疹、胃和肝脏的疾病、呼吸系统疾病、神经系统的影响。
硝酸盐，作为化肥中重要成分，经常会在农业区对饮用水有重要的影响。婴儿如果喝了含有很高剂量硝酸盐的水会引起严重的疾病甚至死亡。症状包括呼吸气团，肤色变蓝，通常这种情况也叫作蓝色婴儿综合征。根据2010年的报告称，美国百分之64的农业区和城市圈中，浅层监测井中的硝酸盐均超标。
雨水径流携带着富营养物直接流入到河流，湖泊和水源地中会引起严重的饮用水问题。当喝了没有消毒的被藻类毒素污染的水后，有害的化学物质二噁英在这个过程中就被创造了出来。二噁英这种副产物会导致严重的健康问题甚至引发癌症。
对自然环境的影响
藻类富集会降低鱼类和其他水生生物的生存能力，导致整个种群离开这块水域，甚至死亡。有害的藻类富集导致绿色污染物影响干净的水体，同时也影响当地的经济，休闲等其他用途
富营养物的富集污染会制造死区，死区水体仅含有非常少的氧气和在这种状态下水体生物不能生存。同时也被称作缺氧区域，这个区域被称作藻类富集后形成缺氧，导致水体区域的生物和植物的死亡和分解。水体生物必须离开这个区域，不然的话就会死亡。小鱼和带壳动物比如贝类和螃蟹在这段缺氧区域中最容易死亡。
根据调查，在美国有超过166个死区，影响着水体问题的包括Chesapeake Bay和墨西哥湾地区。在墨西哥湾地区的死区是全美最大的死区。根据2013年的调查超过5840mile^2的大小。由于密西西比河沿岸的31条上游河流的富集污染，每年死区都会在墨西哥出现。
由于营养物在空中的污染而产生的酸雨，影响着河流，小溪，绿地，森林等
气载氮化物比如氮氧化物对于形成其他空气污染物比如近地面臭氧和雾霾有很大的影响。风和特定的环境条件可以带着臭氧走数百英里从城市区域到农村区域。臭氧污染会损害树木和可视植被区域
对于经济的影响
5到10美分每一千加仑暴增到4刀每1000加仑。同样还需要数十亿的资金来进行水体的清洁工作。
由于水体的污染，旅游产业每年大概承受了数十亿的损失，有些是因为富营养化和有毒藻类，水体丧失了钓鱼和划船活动的能力
由于水体的污染，鱼类和贝类养殖产业受到了很大的冲击，有毒的藻类和硝酸盐杀死了鱼类和贝类，每年由此造成的经济损失高达一千万左右。
有清洁的水体，湖泊河流附近的房地产价值会比之前提升百分之25，另一方面，由于河流等水体的污染，带来恶臭的气味，使得房地产的价值会有很大程度的下降。